Le CFIM dispose d’un Conseil d’Administration en tant qu’organe délibérant, constitué par les représentants des:
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- Primature, en tant que tutelle technique assurant la présidence du Conseil d’Administration ;
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- Ministère auprès de la Présidence en charge des Projets Présidentiels, de l’Aménagement du Territoire et de l’Equipement
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- Ministère de la Justice
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- Ministère des Affaire Etrangères
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- Ministères des Transports et de la Météorologie
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- Ministère de la Défense Nationale
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- Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique
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- Ministère de l’Environnement, de l’Ecologie et des Forêts
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- Ministère des Ressources Halieutiques et de la Pêche
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- Secrétariat auprès du Ministère des Ressources halieutiques et de la Pêche, chargé de la Mer
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- Secrétariat d’Etat auprès du Ministère de la Défense Nationale, chargé de la Gendarmerie Nationale
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- Direction générale du Budget, assurant la tutelle budgétaire
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- Direction de la comptabilité Publique, assurant la tutelle comptable
La Direction Générale est l’organe exécutif du CFIM, composé de la Direction des Opérations et Technique et de la Direction Administrative et Financière
Le CFIM fonctionne 24heures/7jours et regroupe des agents permanents et non permanents représentant les départements ministériels et organismes publics nationaux collaborateurs et partenaires du CFIM en charge de la constitution de la base de données du CFIM dans le cadre de ses missions de collecte, d’analyse et de fusion d’informations maritimes.
En outre, et pour les cadres de partenariats n’incluant pas l’affectation d’un agent permanent et non permanent au sein du CFIM, un Officier de Liaison national est nommé pour assurer les échanges entre le CFIM et le département concerné.