Le CFIM est destiné à travailler avec tous les départements ministériels et organismes étatiques nationaux, régionaux et internationaux, ainsi que les acteurs de l'industrie maritime. Les rapports régissant ce partenariat doit tout de même disposer d'un minimum de cadre juridique afin de baliser l'usage des données échangées. La signature de protocoles d'accord d'échange et de partage de données est ainsi un préalable avant toute fonctionalité du cadre de partenariat.
Depuis l'opérationnalisation effective du CFIM, à partir du second semestre 2016, quatorze protocoles d'accord ont été signé avec entre le CFIM et ses partenaires, notamment:
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et La Direction Générale des Douanes signé le 21 avril 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Secrétariat d’Etat auprès du Ministère des ressources Halieutiques et de la Pêche chargé de la Mer signé le 20 juin 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et l’Institut Halieutique et des Sciences Marines Tuléar signé le 20 juin 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Centre des Données Océanographiques Tuléar signé le 20 juin 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le MEEF signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le MSP signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et la Structure Nationale d’Orientation de la Lutte contre la Drogue (SNOLT) signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Comité Interministériel de Coordination de la Lutte contre la Drogue (CICLD) signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Centre de Prévention et de Gestion des Urgences (CPGU) signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Centre National des Recherches Environnementales (CNRE)signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Centre de Surveillance des Pêches (CSP) signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Foiben-Taosaritanin’i Madagasikara (FTM) signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et la Direction Générale de la Météorologie (DGM) signé le 27 octobre 2017
• Protocole d’accord d’échange et de partage de données entre le CFIM et le Centre National des Recherches Océanographiques (CNRO) signé le 13 novembre 2017
Des partenariats peuvent tout de même entrer en vigueur bien que la procédure de signature des protocoles d'accord d'échange et de partage de données n'ait pas encore été observée pour des raisons indépendantes de la volonté des parties, tel est le cas des partenariats avec:
- le Bureau International des Containers
- l'Organisation Internationale pour les Migrations